Mesmo que voltasse a maneira antiga de trocar skins (pelo próprio launcher), eu acredito que não mudaria o fato delas sairem bugadas, até porque o esqueleto do player das versões superiores a 1.5.2 é diferente (Ex.: 1.8 - Esqueleto do personagem Alex é diferente do esqueleto do personagem Steve - que é o que nós temos na 1.5.2), e como o servidor é adaptado para 1.5.2, acho que não mudaria nada. E é por isso também que muitas skins não funcionam com o /mudarskin, porque não foram feitas para a 1.5.2 e sim para versões superiores.
Oque da para fazer *posso estar errado* é você logar nas versões superiores do jogo (compatíveis com as skins mais recentes) e usar a skin que você deseja - porém apenas você e outros jogadores que estejam na mesma versão e utilizando o launcher oficial poderiam vê-la (a skin).
Ps.: Existe esse site que tem uma pá de nomes com skins muito boas
